Пресные воды представляют второй, хорошо отличающийся в зоогеографическом отношении биоцикл. Сюда относятся озера, реки и ручьи, образующиеся за счет атмосферных осадков. Площадь пресных водоемов сравнительно невелика - около 4 млн кв. км. Условия среды в них резко отличаются от морских и характеризуются прежде всего пестротой и большим размахом колебаний.

Сроки существования пресных водоемов по сравнению с морскими очень коротки, кроме того, очертания их довольно быстро меняются. Все материковые водоемы неглубоки, в среднем менее 100 м, за исключением озер типа Байкала (около 1600 м) или Танганьики (1435 м). Реки вообще во всех отношениях не могут сравниваться с морями.

В отличие от Мирового океана, все части которого сообщаются между собой и в целом представляют единый бассейн, пресные водоемы разобщены. Прямых связей между животными, населяющими их, может вообще не быть, как это наблюдается, к примеру, между бассейнами рек, изолированных водоразделами. Среди населения пресных вод совершенно отсутствуют иглокожие, головоногие моллюски, оболочники, очень мало видов из класса немертин, многощетинковых кольчецов. Вместе с тем здесь встречаются единичные представители губок и кишечнополостных. Только с пресными водами связаны земноводные. Тем не менее, пресноводная фауна происходит от морской, и вселение животных из моря в реки и озера продолжается и сейчас. Это можно наблюдать в тропическом поясе.

При всем различии пресноводных бассейнов им свойственны общие факторы среды, влияющие на распространение в них живых организмов. Таковыми, прежде всего, являются химизм, температура, наличие или отсутствие движения воды. В отличие от моря в пресных водоемах давление практически не играет большой роли.

Химизм воды - фактор изменчивый. Главная составная часть солей морской воды - хлористый натрий - в пресноводных бассейнах отсутствует. Только некоторые озера содержат солоноватую или соленую воду, однако колебания солености в них весьма значительны - от 0,3-0,5 % (совершенно пресные водоемы) до 12-17 % (Каспий) и даже 230 % (Мертвое море). Некоторые животные приспособлены к колебаниям солености. Это эвригалинные организмы. Другие же строго избирательны к степени солености. Они являются стеногалинными. Существенным фактором для пресных водоемов служит жесткость воды (содержание извести). Так, губки, мшанки и определенные раки живут только в мягкой воде. Важное значение для пресноводных животных имеет и содержание гумуса, а также количество растворенного в воде кислорода. Гумусные водоемы (лесные реки, болота) обычно бедны жизнью, в них мало не только рыб и моллюсков, но и личинок комаров. Разложение органических веществ здесь приводит к обеднению воды кислородом и в результате - к массовой гибели рыб, к так называемым заморам. Это особенно опасно для стеноксибионтов, требующих много кислорода. Эвриоксибионты выдерживают значительные колебания содержания растворенного в воде кислорода. Обеднение водоемов кислородом вызывается сбросом в них промышленных и бытовых отходов.

Немалое значение в жизни пресных вод имеет температура. Температурный режим континентальных водоемов определяется широтой местности и ее климатом. Кроме того, резкие температурные скачки могут наблюдаться в одном и том же водоеме. Поэтому большинство обитателей внутренних вод относится к эвритермным организмам.

Свет в пресных водоемах благодаря их преимущественной мелководности не играет особой роли. Обычно он проникает до дна и обусловливает развитие богатой водной растительности. Последняя поставляет большое количество кислорода и служит кормовой базой для растительноядных животных. Только в глубоких озерах типа Байкала существует настоящая афотическая зона.

Из механических факторов в пресноводных бассейнах при отсутствии приливов и отливов и ослаблении волнения весьма существенны течения. Амплитуда колебания скорости движения пресной воды огромна - есть стоячие водоемы (озера) и в противоположность им известны горные ручьи с бешено мчащимся и прыгающим по камням потоком. Пресноводные животные весьма чувствительны к скорости движения воды и в связи с этим разделяются на обитателей текучих вод - реофилов и любителей стоячей воды - лимнофилов.

В целом обитателей пресных вод следует отнести к эврибионтам. Однако различие условий жизни в стоячей и текучей воде требует отдельного рассмотрения характера распространения в них животных.

Население стоячих водоемов зависит от их глубины, местных климатических условий и химизма. В глубоких озерах перемешивание воды не доходит до дна, поэтому в них образуется бедная кислородом застойная зона. В озерах средней глубины один или несколько раз в году происходит циркуляция воды, а в мелких - вода перемешивается постоянно.

В озерах также выделяют пелагиаль и бенталь, где различают нейстон, планктон, нектон и бентос. Однако, чтобы подчеркнуть различия между морем и озером, применительно к последнему пользуются и другой терминологией: пелагиаль носит название лимналь, а глубоководная область (ниже зарослей подводных растений) - профундаль, для обозначения прибрежной зоны с полупогруженной, плавающей и подводной растительностью употребляют термин латераль.

Существует гидробиологическая классификация озер, в основе которой лежит степень их плодородия и, как следствие, та или иная заселенность организмами.

Так называемые эвтрофные озера богаты азотом и фосфором. Они удобряются вливающимися в них водами, приносящими разнообразные минеральные и органические вещества. На дне их оседает сапропелевый ил. В этих озерах на небольших глубинах развивается пышная подводная растительность, а планктонные и бентосные животные представлены разнообразными видами с большой плотностью популяций. Однако обилие организмов приводит к истощению кислорода в глубинных водах во время фаз застоя, и вода становится малопрозрачной.

Олиготрофные озера обычно глубоки, нередко с крутыми берегами и прозрачной синей или зеленой водой. Они бедны минеральным азотом и фосфором. Плотность животных организмов здесь низкая. К этому типу относятся высокогорные (альпийские) озера с плохо прогревающейся водой.

Цистрофные озера неглубокие. Чаще всего они встречаются на торфяниках, поэтому берега их покрыты торфообразующей растительностью, а воды богаты гуминовыми веществами и окрашены в бурый цвет. Кислорода в таких озерах мало, и реакция воды кислая. Степень плодородия дистрофных озер низкая, следовательно, и животное население их бедное.

Между указанными типами озер существует много переходов. В последние десятилетия трофность озер сильно меняется, поскольку в них попадает большое количество удобрений с полей, что способствует бурному развитию водорослей. Вместе с тем бытовые и промышленные стоки отрицательно влияют на растительность водоемов, о чем говорит изменение характера даже таких крупных озер, как Эри в Северной Америке и Женевское в Европе. Все это, конечно, отражается на составе животного населения.

Фауну озер нельзя считать совершенно обособленной. Известно, что по видовому составу предустьевые части рек близки к эвтрофным озерам, а высокогорные озера - к горным рекам. В последних, как и в озерах, живут форель и другие лососевые.

В фауне внутренних материковых водоемов четко прослеживаются черты зональности, определяемые климатом местности и в первую очередь температурой. По характеру температурного режима озера подразделяются на три типа: тропические, умеренной зоны и приполярных областей. К последним относятся и альпийские озера.

Тропические озера отличаются слабыми колебаниями температуры воды и незначительными различиями ее между поверхностными и донными слоями. Фауна этих озер богата и разнообразна, многие виды стенотермны и теплолюбивы.

Пресным водоемам приполярных областей также свойственны малые колебания температур. Но вода в них постоянно холодная- в верхних слоях температура не поднимается выше 10 °С, а зимой на них образуется ледяной покров. Фауна в этих водоемах очень бедная. Здесь обитают лососевые рыбы, которые дальше других заходят на север, беспозвоночных, как правило, мало. Интересным приспособлением к суровым климатическим условиям у животных данных водоемов является способность переносить длительное замерзание.